Původní dělení navrhovalo v tomto úseku pouze dvě stavby: Benešov - Heřmaničky a Heřmaničky - Tábor.
Za Benešovem koridor svou tvář naprosto mění. Prvním důkazem budiž modernizace Benešov - Votice (km 133,270 - 114,759). Investováno zde bude asi 4,7 mld.Kč v rozmezí od července 2009 do října 2012. Snahou je ale úsek připravit a začít dříve (po roce 2006). Celý úsek je jednokolejný a navíc "okořeněný" stykem napájecích soustav. V minulosti už byly provedeny úpravy, umožňující až do Votic zdvoukolejnění ve stávající trase. Koridor má ovšem trochu vyšší požadavky na dosahovanou rychlost a navíc byla při elektrizaci kolej různě roztahána po širokém tělese. Proto bude původních staveb využito jen částečně. Z Benešova koleje vedou přes několik rektifikovaných oblouků více méně ve stávající zdvukolejněné trase až do Bystřice u Benešova. Tato stanice bude zrušena a nahrazena zastávkou až u silničního nadjezdu (cca 1,5 km daleko). Prostor stanice se využije ke směrovým úpravám, čímž bude umožněno zvednout rychlost z 90 na 110 km/h. Po dalších cca 4 km od zrušené stanice a dvou upravených obloucích rychlost stoupá ze 105/135 na 150/160 km/h. Toto nenápadné místo načíná úsek o délce téměř 40 km, kde rychlost neklesá pod 150 km/h! V témž bodě začíná krátká přeložka s tunelem o délce 370 m (místo dnešních oblouků s poloměrem až 425 m). Následuje zvýšení rychlosti na 160 km/h a zastávka Tomice v místě dnešní výhybny (ta byla původně variantně zrušena). Pak už se koleje vydávají na výlet vstříc kopci nad vsí Zahradnice, která přijde o skřípění vlaků na nedaleké trati. Tunel o délce zhruba 900 m vyvádí trať v původní stopě před Olbramovicemi (přeložka má cca 2,2 km). Oproti původně navrženému ostrovnímu nástupišti, dvěma úrovňovým nástupním hranám před budovou a jedné hraně na konci podchodu pro směr do Sedlčan bude realizováno řešení plné peronizace s dvěma ostrovními peróny délky 270 m. Přeložka dalšího úseku do Votic byla připravena jako nová trať pro 130/160 km/h s jedním tunelem o délce 2,4 km nebo 470 m. Nově byl úsek přepracován na 150/160 km/h a trať navržena s dvěma tunely. Až před Votice byla navržena i I. optimalizační varianta pro rychlost 100/125 km/h. Po asi 3,5 km vedou koleje do stanice Votice. Ta byla původně navržena jako tříkolejné nádraží s "objízdnou" nultou kolejí uprostřed a nástupními hranami po stranách. Nová dokumentace počítá s trochu konzervativnějším vedením, kdy stanice (rovněž tříkolejná) dostane jednu vnější objízdnou kolej, ostrovní nástupiště a hranu u budovy (vše délky 270 m). Zachováno zůstane napojení vlečky lomu. Průjezd stanicí bude možný rychlostí 150/160 km/h oproti staršímu návrhu na 130/160 km/h. Změna se týká zlepšení parametrů navazujícího oblouku, který již částečně zasahuje do následující stavby.
V červnu 2006 bylo vyhlášeno VŘ na zhotovitele dokumentace stavby "Modernizace trati Votice - Benešov u Prahy" v hodnotě cca 135 milionů korun (bez DPH). Obtížnosti stavby odpovídá termín 09/06 - 03/08. Realizátorem projektu se stal SUDOP Praha.
V rozmezí km 111,915 - 94,900 je navržena tato modernizace (přesněji stavba nové tratě) v délce 17,015 km za přibližných nákladů 6,8 mld.Kč a realizace v období 04/11 - 06/14. Stavba začíná v blízkosti lomu u Votic (náhrada oblouku s poloměrem 450 m novým pro 150/160 km/h) a ve stávající stopě trať dvoukolejně (skalním zářezem) pokračuje asi 2 kilometry. Pak již začíná násep a dlouhá estakáda vedená podélně nad údolím nad obcí Heřmaničky. Na estakádě je umístěna i zastávka náhradou za zrušenou stanici v obci. Prověřena byla i možnost vedení tratě obcí při značných změnách směrových poměrů a rychlosti 120/140 km/h (v mapce zeleně). Za obcí se stará trať opět přimyká k novému vedení a přeložka (cca 2,6 km) končí. Po nedlouhém souběhu začíná další přeložka, sloužící k eliminaci esíčka před Ješeticemi. Opuštěnou stanici nahradí zastávka přibližně na pražském zhlaví (v původních podkladech označená za variantní). Následuje krátký tunel a opětovné přimknutí k původní trase. Místo zběsilého vlnění podél úbočí však pokračují koleje přímo a nedaleko zrušené zastávky vzniká nová čtyřkolejná stanice Červený Újezd u Votic s možností odstupu postrků. Nástupiště byla oproti původnímu plánu (s velmi zajímavým uspořádáním - viz mapku stanice) předsunuta do zastávky za votické zhlaví. Navrženo bylo i variantní řešení s oboustranným napojením původní stanice Střezimíř na novou trať. Místo toho ale vznikne zastávka (cca 700 metrů od stanice) na novém úseku. Ten se zde stáčí z Újezda a tunelem (cca 300 m) pokračuje k původní trati, kde je situována nová zastávka Mezno. K ní bude třeba postavit nové přístupové komunikace. V místě současné zastávky už koleje vedou téměř v přímé do nového hloubeného tunelu (1,4 km; nadloží 8 metrů), vybudovaného v místě souběhu s připravovanou dálnicí. Následuje oblouk do Sudoměřic a stavba končí. Poskytuje zhruba 14,5 km přeložek a až 2600 metrů tunelů. Samozřejmostí je rychlost 160 km/h. Některé opuštěné úseky budou využity pro místní komunikace.
Stavba o délce 11,430 km začíná v km 94,900 před stanicí Sudoměřice u Tábora a konec má před Táborem v km 83,470. Kromě zmíněné stanice obsahuje ještě žst.Chotoviny a výhybnu Čekanice (bez osobní dopravy). Současný předpoklad pro realizaci stavby je 04/09 - 12/11 za nákladů zhruba 2,3 mld.Kč. Kvůli poměrně bezproblémové přípravě bude možné realizovat tuto modernizaci dříve oproti problémovým úsekům. Problémem je postoj obcí Sudoměřice a Chotoviny, které požadují obchvaty. Chotoviny jsou anvíc proti estakádě v blízkosti Hr.Moraveč (viz dále). Žst.Sudoměřice u Tábora (dodnes s mechanickými návěstidly) bude přestavěna na zastávku s kolejovým propojením (pro 80 km/h). Existovat tu bude podjezd i přejezd. Dále se trať dělí podle užité modernizační nebo optimalizační varianty. Paradoxně pouze optimalizace vyžaduje stavbu tunelu (délka 0,4 km, tunel by usnadnil výstavbu dálnice D3). Délka přeložky by byla zhruba 1,2 km. Hned za tunelem by končila rychlost 160 km/h a přes několik drobně napřímených oblouků by rychlost klesala už dva kilometry před Chotovinami (na 110 km/h). Naopak modernizace by představovala přímé vedení tratě ze Sudoměřic přibližně po stávající trase a na estakádu o délce 830 metrů až před Chotoviny (cca 3,5 km). Modernizace by vyžadovala i posun oblouku v Chotovinách. Tím by bylo možné udržet rychlost 150/160 km/h až téměř před výhybnu Čekanice. V Chotovinách v každém případě vznikne ostrovní nástupiště a jedna hrana u budovy.