Trať prochází silně zvlněnou jihočeskou krajinou a její směrové vedení z velké části odpovídá první koňské dráze na evropské pevnině. Do vzdálené budoucnosti je navržena stavba tratě zcela nové, s parametry odpovídajícími navazujícímu koridoru do Českých Budějovic (rychlost 160 - 200 km/h). Ačkoliv se jedná o prakticky nedohlednou stavbu, věnuji její současné bouřlivé přípravě i jeden odstavec v rámci této stránky. Nutno ovšem dodat, že se nyní připravují další investice do staré trati, která byla nedávno elektrizována. I z toho vyplývá nedohlednost případné nové tratě.

Již od roku 1996 procházela železniční trať z Českých Budějovic do Horního Dvořiště a dále do Summerau náročnou přestavbou. Nejprve proběhly všechny potřebné předelektrizační práce a návazně začala komplexní rekonstrukce tratě s elektrifikací. Délka rekonstruovaného úseku v podstatě odpovídá (spíše přesahuje) délku elektrifikace samotné - 55,925 km. Celkem došlo k rekonstrukci kolejiště 8 stanic (prodloužení užitečné délky staničních kolejí), výstavbě elektronického stavědla v Českých Budějovicích, modernizaci zabazpečovacího zařízení v 9 stanicích, výstavbě trakčních transformoven Velešín a Lipno a stavbě 94,029 km troleje (46,935 km na širé trati a 47,094 km ve stanicích), položení 84,8 km optického kabelu a rekonstrukci odvodnění a umělých staveb. Celou stavbu doplnily dvě nové Opravny trakčního vedení a silnoproudu v Rybníku a v Nemanicích (místo původní). Původní termín dokončení byl stanoven na 6. měsíc roku 2002, místo toho se ale podařilo stavbu dokončit do konce roku 2001. Během GVD 2000/2001 už započal od 19.září 2000 elektrický provoz nákladních vlaků v úseku České Budějovice - Velešín (26 km). Pro tento účel došlo k přesunu několika "laminátek" do DKV České Budějovice, kde byly spolu s místními stroji upraveny pro provoz ve dvojicích na těžkých nákladních vlacích (celkem 5 dvojic). Netrvalo dlouho a už 1.února 2001 se rozjely "laminátky" až do Kaplic (dalších 7 km). K tomuto urychlenému postupu vedou ČD veliké úspory na drahé naftě. Až konečně 1. června 2001 dojely první vlaky v elektrické trakci až do Horního Dvořiště, přičemž byl již hotov i úsek na státní hranici. Chyběl tak pouze rakouský úsek na hranici. Od GVD 2001/2002 jsou již s elektrickými lokomotivami vedeny i osobní vlaky a rychlíky na celém úseku. Celkové náklady byly vyčísleny na přibližně 3 mld.Kč. Největší problém je ovšem s přechodovým úsekem, na hranici totiž dochází ke změně napájení na soustavu 15 kV, 16,7 Hz. Navíc podle mezinárodních dohod zabezpečují provoz tohoto přechodu ČD. Jelikož je dodávka trojsystémových lokomotiv v nedohlednu, byla upřednostněna varianta rekonstrukce "laminátky" na dvousystémovou řadu 340. Mezitím už ale ÖBB dokončily v listopadu 2001 elektrizaci na hranici a 10.12. už přijel elektrický "Taurus" řady 1116 do Horního Dvořiště (ten sem ostatně od 15.15.2002 zajíždí pravidelně na páru R 272/273). Stavební ruch však pokračoval i dále a konkrétně 2.12.2002 byl uveden do provozu systém dálkového řízení celé tratě z Českých Budějovic, který od července 2003 uspořil cca 90 zaměstnanců (40 místo 133).

Na místech, kde v rámci předelektrizačních úprav neproběhla obnova svršku plánuje SŽDC optimalizaci, jíž bychom se měli dočkat v nejbližších letech. Konkrétně se jedná o 15 úseků se svrškem z let 1982 - 1993 (výjimečně 1975). Cílem stavby je především dosažení požadovaných parametrů trati, tedy prostorové průchodnosti, rychlosti 70 - 85 km/h pro běžné a 80 - 120 km/h pro naklápěcí vlaky. Dále je snahou získat lepší geometrické polohy koleje, přičemž posuny os kolejí dosáhnou maximálně několika centimetrů. Proto dojde k rekonstrukci svršku pomocí betonových pražců SB8 s pružnými svěrkami Skl 12 a častými kotvami pražců v malých obloucích. Betonové pražce budou použity i pro výhybky, pouze na některých přejezdech a polích u výměn budou použity pražce dřevěné. Použité kolejnice budou typu S49. Z dalších prací je podstatná především rozsáhlá sanace podloží většiny úseků a různé objemné rekonstrukce 19 mostů a 51 propustů, dále i osazení celkem 16 protihlukových stěn a značného množství zvukotěsných oken. Stavební práce na kolejích se dotknou úseku České Budějovice - Omlenice (ostatní práce i dále) a provedeny měly být přibližně v časovém rozmezí VII/06 - XII/07 (dříve plánováno 11/04 - 12/06) za nákladů 1 125 123 000 Kč (jiný zdroj: 970 milionů Kč). Závěrem ještě doporučuji prohlídku tabulek současných i plánovaných rychlostí.

V prosinci 2005 začalo stavební řízení pro tuto akci.

Pro novou trať do Lince se zatím připravuje trasa do územního plánu, přičemž se vybírá z asi 7 variant. Ty jsou navrženy ve čtyřech směrových koridorech: Východ (A) po pravém břehu Malše, Střed (B) po levém břehu, tedy orientačně v blízkosti stávající tratě, Krumlov (C) logicky s napojením Českého Krumlova a dále po pravém břehu Vltavy (samozřejmě ne kolem kempů a vodáckých hospod...) a konečně varianta Západ (D), vedená opět do Krumlova a dále po levém vltavském břehu a nakonec údolím Větší Vltavice ke státní hranici v blízkosti Reichenthalu. Z bodového hodnocení vyšla nejlépe varianta B6, která z velké části kopíruje trasu budoucí silnice R3. Nevýhodou je ovšem sklon až 17,5 promile, nutný pro umožnění souběhu. Proto je zatím spíše preferována varianta C4. Všechny varianty počítají s dvoukolejnou elektrizovanou tratí a rychlostí nejméně 160 km/h.Základním rysem je vedení kolejí přes Český Krumlov a přes Summerau dále na Linz. Rakouská strana však nejeví zájem o stavbu nové tratě, ale prosazuje pouhou přestavbu současné trasy s rychlostí do 100 km/h. Nová trať by měla cestu zkrátit ze 126 na cca 97 km a z více než dvou hodin jízdy na 44 až 48 minut. Zároveň by se zkrátila jízdní doba z Českých Budějovic do Českého Krumlova na 15 až 20 minut (dnes téměř hodina). Zejména vltavské návrhy se setkávají se značnými protesty ohledně narušení krajinného rázu, "hlučných vysokorychlostních vlaků" atd. Současně s námi připravují podklady pro trať i na rakouské straně, sladit požadavky a přání obou stran pro výslednou trasu ale nebude jednoduché.

Optimalizace a elektrizace tratě Veselí nad Lužnicí - České Velenice, původně zařazené do IV.koridoru je plánována na období let 2008 - 2010, současně by už od roku 2007 měla probíhat elektrifikace do Velenic i z Českých Budějovic. Nicméně už v průběhu roku 2001 probíhaly mezi Veselím a Velenicemi stavební práce, jenž by se daly směle označit za předelektrizační - výměny a instalace nových závor a přestavba přejezdů samotných, kabelizace, odstraňování telegrafních drátů a sloupů a také přípravy pro instalaci světelných návěstidel. Současně se postavila zcela nová budova zastávky Třeboň-lázně. Odhadované náklady na optimalizaci (a úpravu na 160 km/h) a elektrizaci úseku z Veselí nad Lužnicí se pohybují okolo 4 mld. Kč, pouhá elektrizace doplňující tratě z Budějovic si vyžádá 2,5 mld. Kč (dle jiných nepotvrzených zdrojů jen 1,25 mld. Kč). Do dubna 2005 by měl být k dispozici kompletní projekt stavby elektrizace České Budějovice - České Velenice.